Компания Subaru начала продажи третьего поколения Legacy (BE, BH) в Японии и в мире в июне 1998 года, в то время, как в Северной Америке продажи модели начались только в 2000 году. Модели, продаваемые в США, были оснащены стандартным симметричным полным приводом. Модели, продававшиеся на мировом и японском рынках, оснащались атмосферными горизонтальными оппозитными двигателями: EJ20 и EJ25 объемом 2 и 2,5 литра соответственно. В четырёхцилиндровом двигателе продолжает использоваться зубчатый ремень привода распредвала, который необходимо заменять каждые 100000 километров пробега. В 2001 году был разработан новый 3-литровый 6-цилиндровый двигатель EZ30,устанавливавшийся на Outback. В новом шестицилиндровом 3-литровом двигателе использовался цепной механизм газораспределения, цепь которого не требовала замены при нормальном использовании.
По миру было прекращено производство универсалов с плоскими крышами, и вместо них использовалась рельефная крыша, которая устанавливалась на универсалы Legacy Wagon и Legacy Outback.
4-х скоростная автоматическая трансмиссия имела подключаемую функцию игнорирования первой передачи. Это помогало управлять автомобилем в сложных дорожных условиях, таких как снег или гололёд. Система активировалась путём переключения селектора режимов работы коробки передач в положение "hold". В таком случае, машина будет трогаться со второй передачи, а не с первой. Трансмиссия также изменит распределение крутящего момента между передними и задними колесам в соотношении 50/50.
Автоматическая трансмиссия также имела возможность изменять моменты переключения передач, и не переключать передачу дольше, когда двигатель работает на больших оборотах. Это достигалось путём резкого нажатия на педаль акселератора, в результате чего трансмиссия ждала, когда двигатель раскрутится до 5000 оборотов, прежде чем переключиться на следующую передачу. В отличие от предыдущих поколений, на панели приборов при этом не появляется никакой индикации. Трансмиссия также имела защиту от превышения оборотов, путём переключения на следующую доступную передачу, если обороты двигателя достигают 6500 оборотов, даже если селектор находится в положении пониженной передачи.
Специализированные для японского рынка автомобили с двигателем twin turbo имели полуавтоматическую трансмиссию, которая позволяла водителю перевести рычаг переключения передач влево, и, затем, переключать передачи как на механической коробке передач.