Второе поколение Honda CR-V дебютировало в 2001 году. В новом Honda CR-V II были увеличены габариты и колесная база. Автомобиль получил "свежую" внешность и стал выглядеть солиднее. Выросло свободное пространство салона, улучшена шумоизоляция, что, безусловно, добавило комфорта при передвижении. Honda CR-V II предлагался в нескольких комплектациях, самой "богатой" из которых была Executive. Кроссовер оснащался климат-контролем, электроприводом стекол и зеркал, аудиосистемой, БК и множеством других полезных опций. Обивка интерьера существовала как в тканевых вариантах, так и в добротной, мягкой коже.
Гамма силовых агрегатов Honda CR-V II расширилась, по сравнению с предыдущим поколением. Появились 2 новых двигателя: "турбодизель", объемом 2.2 л и бензиновый, 16-клапанный, объемом 2.4 л. Полностью независимая подвеска всех колес Honda CR-V II обеспечивает управляемость легкового автомобиля. Благодаря полноприводной трансмиссии Realtime 4WD, кроссовер превосходно ведет себя в условиях легкого бездорожья. В 2006 году на смену Honda CR-V II пришло третье поколение модели.