Второе поколение МR-2 выпускалось в двух вариантах кузова: купе и тарга (версия «T-bar roof»). Третье поколение Тойота МР 2 выпускалось серийно с 1999 до 2007 года. В японской версии модель называлась MR-S, в европейской и американских — MR2-Spyder. Оснащалась только 1 мотором: 1ZZ-FE (1800 см, 143 л.с., VVT-i, атмосферный). В 2002 году вышла обновленная версия MR-S. В ней были немного изменены облицовка салона, фары и задние фонари, 6-ступенчатая трансмиссия, а также поставлены более широкие колеса и диски сзади на 16". Выпускались как с механической коробкой переключения, так и с секвентальной.