Модель классического мотоцикла Yamaha XJR 1300 пришла на смену модели Yamaha XJR 1200 в 1999 году. Помимо объема двигателя новая модель отличалась от старой размерностью шин, тормозами (на Yamaha XJR 1300 ставились от Yamaha YZF-R1) и другими мелкими изменениями, в частности, более усиленным сцеплением и крышками двигателя серебряного цвета на моделях начиная с 2000-го года.